一般無法直接判斷丙硫氧嘧啶片和甲巰咪唑片哪個效果好，部分患者使用丙硫氧嘧啶片的效果可能較好，部分患者使用甲巰咪唑片的效果可能較好。
丙硫氧嘧啶片和甲巰咪唑片都屬于抗甲狀腺藥物，一般不能直接比較哪個效果好。丙硫氧嘧啶片能抑制甲狀腺素的合成，并能有效治療甲狀腺功能亢進癥，也不會妨礙口服或注射的甲狀腺素發揮作用。
甲巰咪唑片可以抑制甲狀腺內過氧化物酶，從而阻礙吸聚到甲狀腺內碘化物的氧化及酪氨酸的偶聯，阻礙甲狀腺素和三碘甲狀腺原氨酸的合成。
如果患者對丙硫氧嘧啶片敏感，使用該藥物的效果可能較好；如果患者對甲巰咪唑片敏感，使用該藥物的效果較好。因此，由于個人情況不同，用藥的具體效果通常存在差異，無法直接比較上述兩種藥物的效果，甲狀腺功能亢進癥患者可以在醫生指導下選擇合適的藥物進行治療。
需要注意，攝入海帶、海藻、海草等高碘食物可能使甲狀腺功能亢進癥病情加重，使抗甲狀腺藥物的需要量增加或用藥時間延長。因此，使用抗甲狀腺藥物期間要避免吃高碘食物。