月經不調不一定就是卵巢早衰。月經不調僅表現為月經的改變，可以是任何年齡，由各種原因導致，而卵巢早衰有月經的改變，且有年齡的限制，只是導致月經不調的原因之一。
月經周期的調節是一個復雜的過程，受下丘腦、垂體、卵巢的影響。下丘腦分泌促性腺激素釋放激素，通過調節垂體促性腺激素的分泌，調控卵巢功能。卵巢分泌的性激素對下丘腦-垂體又有反饋調節作用。下丘腦、垂體與卵巢之間相互調節、相互影響，形成一個完整而協調的神經內分泌系統，其中任何環節出現異常都可導致月經不調。月經不調常見的原因有長期精神緊張、長期使用避孕藥物，以及存在子宮肌瘤或宮腔粘連等婦科疾病，或者過度節食、熬夜、過度疲勞等。可出現月經周期的改變，如經期延長或縮短、經量的增多或減少、月經稀發、閉經等表現。
而卵巢早衰是指女性40歲前出現卵巢功能減退，表現FSH（促卵泡生成素）升高和雌激素波動性下降。同時月經的改變表現為月經稀發或停經至少4個月。還可出現低雌激素的癥狀，如潮熱、盜汗、陰道干澀等癥狀。