一般來說，艾灸甲狀腺結節一百天后疼痛加重可能是艾灸方式不正確、病情逐漸加重等因素所引起的，需要根據實際情況進行處理。具體分析如下：
1.艾灸方式不正確：如果艾灸的力度過大，可能就會導致患者產生氣血兩虛的癥狀，進而可能會導致甲狀腺結節進一步加重，患者應該采取正確的方式進行艾灸，控制好艾灸力度，或者直接停止艾灸。
2.病情逐漸加重：這種情況也可能與病情逐漸加重有關系，患者應該盡快到正規的醫院就診檢查，必要時可以通做微創手術切除甲狀腺結節組織。