兩牙齒中間縫隙根部疼可能是齲病、牙齦炎、牙髓炎等疾病引起的，需要及時就醫檢查，明確具體病因，根據不同病因進行針對性治療。平時需注意口腔清潔衛生，注意清淡飲食。具體如下：
1、齲?。嚎赡苁侨粘２蛔⒁饪谇恍l生、進食過多甜食等原因導致的。當牙齒齲壞深入到牙本質，遇到外界刺激后，就會出現牙齒中間縫隙根部疼痛的癥狀，還伴有口臭等現象。需及時到醫院就診檢查，可以遵醫囑使用復合樹脂充填術的方式進行治療。平時需要注意清淡飲食，少吃甜食。
2、牙齦炎：可能是食物嵌塞、牙錯位擁擠等原因導致的，進而導致上述現象，還可能伴有牙齦紅腫、出血等癥狀。建議患者及時就醫治療，可以在醫生的指導下使用甲硝唑口頰片、牛黃解毒片、曲安奈德口腔軟膏等藥物治療。平時要多注意口腔清潔衛生，避免細菌滋生。
3、牙髓炎：是發生于牙髓組織的炎性病變，與細菌感染、物理和化學刺激等因素有關。患者需及時就醫，可以在醫生的指導下使用人工牛黃甲硝唑膠囊、甲硝唑芬布芬膠囊、阿莫西林分散片等藥物治療。平時可以適當運動，增強身體抵抗力。
除上述原因外，還有其他的可能性疾病，比如根尖周炎，患者需及時就診，并進行針對性治療。