食管胃黏膜異位發生癌變的幾率較低，臨床上比較罕見，不需要過分擔心，食管胃黏膜異位是一種先天性疾病，在胚胎時期，胃黏膜在食道表面取代柱狀上皮細胞變為鱗狀上皮細胞，即胃黏膜在食道上面生長。
胃黏膜出現在食道上形成食管胃黏膜異位，會使食道產生過多胃酸，容易造成食道的炎癥，伴隨有幽門螺桿菌感染，形成感染性疾病，一般情況下治療方法是進行消炎治療，如使用阿莫西林或者使用堿性藥物，如硫糖鋁等，也可以喝堿性飲料進行對癥治療，如蘇打水等。大部分患者并沒有明顯癥狀，不需要治療，且日常生活中也不易被發現，大多在體檢時進行胃鏡偶然發現存在食管胃黏膜異位。
綜上所述，食管胃黏膜異位只是一種先天性疾病，發生癌變的概率比較低，大多數患者并不會有明顯的癥狀，且對身體的影響較小。對于此類患者，建議在日常生活中注意避免食用辛辣、刺激性食物，如辣椒、冰激凌等，以免引起腹痛等不適表現。