規范且頻率正常的給三個月嬰兒掏耳朵，并不會出現后果。但是需要注意三個月嬰兒全身各器官發育尚不完善，如果家長反復給三個月嬰兒掏耳朵，且操作不規范，有可能導致耳部結構發育異常，還可能出現耳部發炎、影響聽力的后果。
1、耳部結構發育異常：因為三個月嬰兒的外耳道沒有發育成熟，而且外耳道大部分是扁平狀，如果反復給三個月嬰兒掏耳朵，容易造成三個月嬰兒局部耳廓生長畸形。另外給嬰兒掏耳朵的過程中，如果家長經常揪嬰兒的耳朵，也容易造成耳部發育不良；
2、耳部發炎：如果家長給三個月嬰兒掏耳朵的時候，用力過大或者方法不妥，容易引起耳道內的皮膚損傷，長時間沒有進行消毒處理，可以引起外耳道炎癥，表現為局部紅腫、疼痛，以及膿性分泌物流出等情況，因此家長應該盡量到專業機構給嬰兒取出耳內分泌物；
3、影響聽力：如果家長沒有正確給嬰兒掏耳朵，尤其三個月嬰兒的耳道生長發育比較差，如果家長沒有采用正確的方法給三個月嬰兒掏耳朵，可能直接會將嬰兒的鼓膜捅破。沒有盡早治療甚至會引起聽力下降、耳聾等嚴重的后果。