牙結石是鈣化沉積的牙菌斑，是一種病理現象，及時清理對機體有益，沒有危害，但在牙結石清理過程中可能因部分刺激性操作造成局部損傷。建議患者前往正規口腔機構或醫院進行牙結石清理。
清理牙結石一般進行超聲波洗牙，可能對牙齒結構，如牙本質、牙釉質和牙齦等，造成一定的刺激，因為牙結石覆蓋使局部組織較脆弱敏感，可能引起局部損傷。此外，如果清理齦下牙結石，需要先將牙齦組織翻起來，在直視下操作，臨床指翻瓣，可能對牙齦組織造成輕微創傷。因為牙結石附著較牢固，清理時還可能引起患者疼痛不適感，甚至出血，可以遵醫囑用漱口水和甲硝唑芬布芬膠囊、阿奇霉素片等消炎藥，并在醫生指導下分多次洗牙。因為牙結石含有大量細菌等微生物，會不斷產酸并腐蝕覆蓋的牙齒組織，使牙齒完整性受損，穩定性降低。部分人群清理牙結石后，感覺牙齒變松動、牙縫變大，或牙齒較敏感等，不是清理牙結石引起的危害，而是牙結石本身引起的危害。
由于牙結石嵌塞在牙縫中，隨著時間延長，不斷擴大并侵蝕正常牙組織，可能引起牙齦炎、牙周炎等較重后果，患者應及時清除。牙結石清理后的患者，應避免食入過冷，過熱的食物，以免引起牙齒的不適。