支原體肺炎后二個月了還咳嗽，可能是支原體肺炎未徹底治愈導致的，也有可能是支原體肺炎復發造成，此外，也不排除是過敏性咳嗽導致，可以針對原因進行治療。
1、支原體肺炎未徹底治愈：如果在早期發病時沒有積極治療，有可能會延誤病情，增加治療難度，從而延長治愈時間，特別是在支原體肺炎治療期間，可能會因為用藥不當而延誤恢復時間，患者體內還存在部分病灶，從而出現支原體肺炎后二個月了還咳嗽的情況。支原體肺炎一般需要應用抗生素治療，可以選擇大環內酯類或喹諾酮類的抗生素，如口服阿奇霉素膠囊或羅紅霉素膠囊，必要時也可應用糖皮質激素治療，比如口服甲潑尼龍片；
2、支原體肺炎復發：支原體肺炎不僅病程比較長，而且容易反復發作，支原體肺炎的患者在治愈后，部分致病支原體由于具有特殊的尖端細胞器，可通過某些蛋白介導與機體細胞相互作用，寄生在呼吸道黏膜表面，在身體免疫能力低下時，容易導致支原體肺炎復發，出現支原體肺炎后二個月了還咳嗽的情況，所以復發后要積極治療，在早期及時應用抗生素能夠幫助縮短病程，可以選擇服用鹽酸左氧氟沙星膠囊等藥物；
3、過敏性咳嗽：在排除上述可能后，支原體肺炎后二個月了還咳嗽也有可能與其他原因有關，比如過敏性咳嗽，由于支原體肺炎會導致機體呼吸道防御能力下降，通常會在接觸一些刺激性粉塵、花粉等刺激性物質后，容易受到其他病原體侵襲，引發機體出現異常的免疫反應，從而產生過敏反應，出現過敏性咳嗽，表現為支原體肺炎后二個月了還咳嗽的現象。此時可以通過服用抗組胺類藥物減輕癥狀，比如氯雷他定片等。