乳桿菌活菌膠囊主要用于由菌群紊亂引起的細菌性陰道病，使用過后一般會出現陰道分泌物增多的現象，這主要是由于膠囊崩解，引起白帶的流出，通常沒有刺激作用，不會加重外陰瘙癢。
乳桿菌活菌膠囊多用于陰道炎的輔助治療，可以增加陰道黏膜的抵抗力，抵御外來的病原菌。特別是細菌性陰道病、老年性陰道炎或者其他炎癥，常常會使用乳桿菌活菌膠囊增加陰道黏膜的抵抗力，防止陰道炎癥復發。使用藥物后，患者通常沒有明顯的不適，但是陰道藥物的使用，大部分可能會使患者的陰道分泌物增多，這是由于藥物崩解所致。少數比較敏感的患者，可能會感覺暫時性不適，如果患者在使用過程中，出現明顯的外陰瘙癢或不適癥狀，則應及時停藥，并及時就醫。
使用乳桿菌活菌膠囊后不要進行陰道沖洗，否則可能會導致已經進入陰道的乳桿菌活菌數量減少，從而破壞陰道的內環境，容易導致陰道炎再發，且陰道用藥期間要避免性生活。