洗手液具有消毒的作用，一般不能殺死真菌，不能代替藥物治療疾病使用。
真菌是一類真核細胞型微生物，包含許多種類。其中，致病性和機會致病性真菌在侵入人體后，可能導致人類感染性、超敏反應性及中毒性疾病。例如，濕疹、蕁麻疹、支氣管炎、腸炎、腦膜炎、腦膿腫等疾病都可能是真菌感染引起的。此外，部分真菌還具有致癌作用，可能會導致肝癌等疾病的發生，例如黃曲霉、棒狀曲囊等。而洗手液是一種護膚清潔液，主要成分為表面活性劑、潤膚保濕劑、增稠劑、pH調節劑、色素、香精等，主要作用是清潔手部，通過機械摩擦和表面活性劑的作用，配合水流或無水狀態，以清除手上的污垢和附著的細菌。由于不含有殺滅真菌的成分，因此洗手液不可以殺死真菌。對于真菌感染導致的體癬、足癬、手癬、股癬、甲癬等皮膚病，患者需要在醫生指導下選用抗真菌藥物進行局部外用治療，如硝酸咪康唑乳膏、復方酮康唑乳膏等進行治療，以殺滅真菌，去除病因。
需注意的是，使用洗手液時不宜過量，以一泵為宜，過量使用可能導致摩擦搓洗過度，損傷手部皮膚。