取卵后第三天小腹刺痛，可能是由于取卵時穿刺卵巢，從卵泡中取卵時，此操作刺激卵巢而出現小腹刺痛，不需過于擔心，一般適當休息，刺痛可緩解消失。但若刺痛不緩解，可考慮是由于卵巢扭轉、盆腔炎、盆腔積血等引起的病變表現，需要根據不同病因進行治療，改善癥狀。一般小腹刺痛較輕微，且盆腔里無大量積液，通常不影響移植，但如果小腹刺痛比較嚴重，且存在大量盆腔積液等，則不建議移植，具體需咨詢醫生是否需要推遲。
1、卵巢扭轉：如果女性在取卵后第三天，卵巢位置出現改變，可能引起卵巢扭轉，會出現小腹刺痛、下腹劇烈疼痛、陰道流血等癥狀。如果病情比較嚴重，可能需要在醫生的指導下進行開腹手術進行治療；
2、盆腔炎：如果女性身體比較虛弱，細菌侵犯盆腔組織引起盆腔炎，可能導致女性出現取卵后第三天小腹刺痛、腰部酸脹，分泌物增多、發黃、有異味等癥狀，此時可在婦產科醫生的指導下使用阿莫西林克拉維酸鉀、莫西沙星、奧硝唑等抗生素類藥物進行治療；
3、盆腔積血：如果女性在取卵時局部組織出現副損傷，引起病變部位出現滲血，滲血量逐漸增多流入盆腔，也可能出現取卵后第三天小腹刺痛、不規則陰道流血、腰骶部酸痛等癥狀。如果出現失血性休克，需要遵醫囑進行補液、糾正酸中毒、擴容治療，必要時進行輸血治療，如果患者的病情比較嚴重，可能需要進行手術治療。