可以通過藥物、手術等方式治療甲亢突眼癥。
對于突眼的藥物治療，可以選擇強的松等皮質激素，但作用緩慢，病程長，副作用也多。還有一些其它的免疫抑制劑，比如環磷酰氨，也可以起到一定的效果，不過副作用會比較大。除此之外，云克治療也可以用來改善突眼的癥狀，但是效果并不是很好。對嚴重的突眼癥可以通過外科手術來進行治療，但其效果并不明確。對于突眼癥較嚴重的患者，可以采取其它的治療措施，以減輕眼窩內的壓迫，并配合換血療法。