甲狀腺功能低下其病因包括：

1: 甲狀腺實質性病變，如甲狀腺炎，外科手術或放射性同位素治療造成的腺組織破壞過多，發育異常等；

2: 甲狀腺素合成障礙，如長期缺碘、長期抗甲狀腺藥物治療、先天性甲狀腺素合成障礙、可能由于一種自身抗體（TSH受體阻斷抗體）引起的特發性甲狀腺功能低下等；

3: 垂體或下丘腦病變。根據發病年齡不同可分為克汀病及粘液水腫。