許多病毒性腦炎患者可完全恢復。存活與康復的機會很大程度上取決于病毒的類型。如細菌性腦膜炎得到及時治療，死亡率不到10％。但如果診治延誤，可造成不可逆的腦損害甚至死亡，特別是嬰兒和老人。大多數(shù)人可以完全康復。某些后遺癥，則需要終身治療。皰疹腦炎可引起嚴重的腦損害，但可用阿昔洛韋治療。為了保證更好的恢復，治療應在進入昏迷前盡早開始。成 人愈后較好，而兒童恢復則需要較長時間，嬰兒可能遺留有不可逆損害。如果確定治療比較及時的話，應該不會留下后遺癥的，而且治愈的可能是很大的，注意及時觀察不要耽誤治療。