腦透明隔囊腫是否會消失，要根據具體囊腫的大小進行分析。出現透明隔囊腫，主要考慮與局部積液堆積有關，所以要根據病情的嚴重程度針對性地選擇治療方案。
1、會消失：如果腦透明隔囊腫的體積比較小，沒有產生明顯的占位效應，通常后期隨著局部積液的吸收，有自行消失的可能，不需要進行特殊處理；
2、不會消失：腦透明隔囊腫的體積比較大，往往代表局部積液堆積比較多，容易產生占位效應，要完全恢復比較困難，所以多數不能自行消失，需要及時進行治療，比如通過手術的方法修復。
對于腦透明和囊腫的患者，如果體積并不是很大，注意定期進行隨訪，如果后期出現囊腫繼續增大的現象需要立即就醫處理，如果局部囊腫逐漸縮小，則說明病情在逐漸好轉，有恢復的可能性。