扁桃體肥大有生理性和病理性之分，一般生理性扁桃體肥大會自行萎縮。病理性扁桃體肥大有自己萎縮的可能，但反復發炎時很難自行萎縮。
即使沒有發炎感染，扁桃體會隨著年齡增長出現生理性扁桃體肥大，一般在4-10歲時扁桃體逐漸增大，到11-13歲左右肥大的扁桃體又會逐漸萎縮。只要扁桃體沒有反復發炎，也無明顯不適癥狀，等待扁桃體自行萎縮即可。
如出現扁桃體炎引起病理性扁桃體肥大，但只有一次炎性感染，以后不再有扁桃體發炎的情況，隨著年齡增長，扁桃體也會自行萎縮，許多人40歲左右扁桃體會完全消失。
但如扁桃體反復發炎，導致扁桃體肥大后一般很難自行萎縮，需及時治療。如扁桃體過大出現呼吸困難、吞咽困難等問題時，避免盲目等待扁桃體自行萎縮，需及時手術切除。