扁桃體肥大并沒有最佳治療期這一說法。對于扁桃體肥大的治療，一般以控制和預防為主，臨床癥狀越輕，治療效果一般越好。
扁桃體肥大在青少年中較為常見，可分為單純性肥大與病理性肥大兩種。單純性肥大一般無明顯癥狀，或是癥狀較輕微，主要表現為舌根部、咽喉等腫脹不適，這一種情況一般無需特殊處理。而病理性肥大可能會造成打鼾、阻塞性睡眠呼吸暫停綜合征、吞咽困難等癥狀，且可能會伴隨繼發性感染現象，早期發現后需及時治療，沒有最佳治療期這種說法，若不及時治療會導致疾病加重。
扁桃體病理性肥大時，可遵醫囑予以抗生素類藥物口服治療，如頭孢拉定膠囊、阿莫西林膠囊等，同時應用有消炎作用的含漱劑，如呋喃西林溶液、復方氯己定含漱液。如果用藥后癥狀沒有明顯緩解，則需考慮進行手術治療摘除扁桃體，有助于恢復通氣。