通常情況下，慢性咽喉炎患者是否可以打HPV疫苗，需要根據具體的情況來判斷，具體分析如下：
HPV疫苗是一種預防性疫苗，主要用來預防因感染高危型HPV病毒引起的宮頸癌、陰莖癌等疾病。患者有慢性咽喉炎，若病情處于穩定期，此時可以打HPV疫苗，并不會影響藥效。但是，若患者的病情急性發作，此時體內的炎癥反應比較強烈，不建議打HPV疫苗，以免影響藥效。
患者可以在醫生的指導下使用阿莫西林膠囊、羅紅霉素片、阿奇霉素膠囊等藥物進行治療，待炎癥消退后，患者便可以打HPV疫苗。打完HPV疫苗后，患者應注意局部護理，保持局部衛生，清淡飲食。