轉移因子膠囊和胸腺肽的療效都比較好，無法準確比較哪個效果更好，但是建議患者在醫生的指導下合理使用。
轉移因子膠囊是一種免疫調節藥，轉移因子膠囊是從健康人或動物脾臟提取的多肽、氨基酸和多核苷酸等，可增強或抑制體液免疫和細胞免疫功能。主要用于某些抗生素難以控制的病毒性或霉菌性細胞內感染等。如帶狀皰疹、流行性乙型腦炎、白念珠菌感染、病毒性心肌炎等。
而胸腺肽是從健康小牛的胸腺中提取的活性多肽物質，為免疫調節藥，可以增強人體細胞免疫功能。主要用于慢性乙型肝炎以及各種原發性或繼發性T細胞缺陷病。還可以治療某些自身免疫性疾病，如類風濕關節炎、系統性紅斑狼瘡、兒童支氣管哮喘等。
這兩種藥物的效果都比較好，不存在哪個療效更好的說法。但是建議患者在醫生的指導下合理用藥，如果患者對上述藥物過敏，應該禁止使用。此外，器官移植者、細胞免疫功能亢進者、胸腺機能亢進以及胸腺腫瘤患者等應該禁止使用胸腺肽，以免對機體健康造成損害。