納豆激酶的副作用主要是會對胃腸造成一定的刺激，禁忌通常是過敏者、急性胰腺炎患者、胃炎患者禁止使用，具體分析如下。
一、副作用
納豆激酶是一種絲氨酸蛋白酶，很容易被消化和分解，食用過多可能會刺激到胃腸道，引起嘔吐、消化不良、腹瀉等不適癥狀。
二、禁忌
1、過敏者：如果對納豆激酶過敏，食用后可能出現過敏反應，比如皮疹、紅斑、發熱等不適癥狀。
2、急性胰腺炎患者：納豆激酶可以促進胃液分泌，該疾病的患者食用后可能加重胰腺負擔，不利于病情恢復。
3、胃炎患者：該疾病的患者胃黏膜通常存在損傷，納豆激酶會刺激胃黏膜，加重黏膜損傷病情。
另外，痛風患者也不建議食用納豆激酶。日常要注意合理飲食，不要暴飲暴食，多吃富含維生素的蔬果，比如西紅柿、菠菜、橘子等。