小女孩內褲有異味可能是糞便污染導致的生理現象，也有可能是陰道炎、尿道炎等因素引起的，具體如下：
1、糞便污染導致的生理現象：如果小女孩在排便之后，未徹底清潔肛門，可能會導致殘留的糞便污染內褲，從而出現小女孩內褲有異味的現象。
2、陰道炎：是一種以陰道分泌物增多為特征的常見病，可由各種病原體感染引起，也可由外部刺激、激素等因素引起。如果小女孩衛生習慣不良，大小便污染，或者小女孩在玩耍的時候，出于好奇，會把一些比如筆帽、花生米、彈球等這些異物，自行的放入陰道內，就可能會引起陰道炎。主要表現為陰道分泌物增多、陰道瘙癢或灼熱感，若分泌物流至內褲，會出現小女孩內褲有異味的現象。
3、尿道炎：小女孩的尿道短且直，通常直接開口于陰道前庭，假如小女孩平常不注意局部的衛生，小便之后沒有及時的清潔，細菌會經尿道外口導致逆行感染，從而引起尿道炎，隨著炎癥不斷刺激尿道黏膜，黏膜分泌物增多，若分泌物流至內褲，也會出現小女孩內褲有異味的現象，此外還會出現尿頻、尿痛、尿道刺癢等癥狀。