如果是急性心肌梗死引起的冠狀動脈內的急性血栓，在發病后6小時內可以進行溶栓。靜脈內注射尿激酶、鏈激酶、瑞替普酶等可溶解血栓，恢復血液循環。如果是心腔中的血栓，例如心梗后的左心室血栓，或者是房顫導致的左心房和左心耳中的血栓，則不能進行溶栓。可以通過使用華法林、達比加群酯、利伐沙班等新型口服抗凝藥來逐步消除血栓。