男人精子出來會頭疼的原因較多，可能是由于性生活刺激等原因導致的一過性神經性頭疼，屬于生理性情況。如果頭疼時間較長，而且次數較多，也可能是由于病理性情況，如腦出血、高血壓等疾病所致，需就醫診治。
一、生理性情況：男人射精時會導致交感神經興奮，大腦會有興奮性改變，可出現血管肌肉收縮的狀態，從而使大腦神經遞質紊亂，出現頭疼的現象，此現象過一段時間后會逐漸恢復。另外，如果男人在性生活過程中精神緊張或心理壓力較大，或是男人本身比較勞累、疲憊，同時性生活比較頻繁，也會導致男人頭部神經受到刺激，容易出現體力不支的情況，引起頭疼的現象，適當休息后癥狀可自行緩解，日后應避免上述誘發因素，可防止癥狀反復出現。
二、病理性情況：1、腦出血：如果患者經常出現精子出來頭疼的情況，并且頭疼時間比較長，或者同時伴隨頭暈、惡心、嘔吐等癥狀，可能是腦出血導致的不適癥狀，隨病情發展還可出現意識障礙、視物模糊或眼前發黑、肢體麻木無力甚至癱瘓等表現，需要及時到醫院就診處理；
2、高血壓：由于性生活處于高度興奮狀態，男人可能會有血壓上升的情況，如果血壓上升的水平較高，會刺激大腦神經，導致患者出現精子出來頭疼的現象，日常生活當中要定期檢查血壓，必要時用藥控制病情。