一般不存在扁平疣最好的藥膏，此時通常可在醫生指導下使用咪喹莫特乳膏、阿達帕林凝膠、水楊酸軟膏、維A酸乳膏、重組人干擾素α2b乳膏等。
1、咪喹莫特乳膏：具有腐蝕性，能有效抑制感染HPV后體細胞與鄰近體細胞內病毒的復制。
2、阿達帕林凝膠：促進毛囊細胞正常分化，減輕因細菌引起的炎癥反應，對扁平疣有一定的治療作用。
3、水楊酸軟膏：具有角質溶解作用，通過促進表皮剝脫來消除疣體。
4、維A酸乳膏：誘導表皮增生，調節表皮細胞增殖和分化，有助于疣體的脫落。
5、重組人干擾素α2b乳膏：具有廣譜抗病毒作用，通過阻止病毒蛋白質的合成，抑制病毒核酸的復制和轉錄，實現抗擊人乳頭瘤病毒的目的。
用手觸摸自己受傷的皮膚時，務必進行徹底的清潔，并避免與身體的其他部分直接接觸，以防止感染的發生。