三個月寶寶入睡困難可能與環境、乳糖不耐受、缺鈣等原因有關。家長可以在醫生指導下給寶寶對癥治療。具體情況如下：
1.環境：如果室內的環境光線過暗或者是過于悶熱、溫度比較低，可能都會對睡眠造成影響，容易導致三個月寶寶入睡困難，家長要注意開窗通風或者是調整適宜的溫度。
2.乳糖不耐受：如果寶寶出現乳糖不耐受的情況，容易產生腹脹、腹痛、脹氣等癥狀，所以三個月寶寶入睡困難可能是乳糖不耐受引起的。家長可以在醫生指導下給寶寶使用雙歧桿菌活菌散、乳酸菌素顆粒、地衣芽孢桿菌活菌顆粒等藥物進行治療。
3.缺鈣：三個月寶寶如果在發育期間沒有及時補鈣，可能會出現身體缺鈣的情況，容易導致發育遲緩、神經興奮性增高、手足搐搦等癥狀，所以三個月寶寶入睡困難可能是缺鈣引起的，通常可以在醫生指導下使用碳酸鈣顆粒、乳酸鈣顆粒、維生素AD滴劑等藥物進行治療。