使用微波爐對中藥進行加熱通常會對其藥效產生不良影響，需要及時就醫進行治療。
微波爐對食物進行加熱的方式是從內部開始，主要利用微波對食物施加壓力，這會導致食物內部的分子產生振動，從而產生熱量，使食物的溫度上升，因此利用微波爐對中藥進行加熱可能會破壞藥材內部的分子結構，導致藥物發生變性，甚至可能喪失其原有的療效，并可能生成某些有毒物質。
微波爐的加熱速度較快，這導致水分容易蒸發，加熱時間短，不能充分溶解藥材中的有效成分，還可能導致藥液溢出，從而造成藥物的浪費，降低藥效。
中藥在煎煮過程中，因其性質和質地的差異，所需的加熱時間也會有所不同。有一些藥材需長時間浸泡或蒸煮，如黃芪、甘草等。微波爐的加熱方式是在一個封閉的環境中進行的，因此很難根據藥物的具體性質來實時調整加熱的時長。微波能使藥材受熱均勻，但由于藥材種類繁多、藥性各異等原因，需要對中藥材分別采用武火、小火或武火與小火相結合的方式才能達到預期效果。某些中藥需要用小火慢煮，而另一些中藥則需要用強火快速煎煮，微波爐的加熱溫度并不能根據藥物的特性調整到適當的溫度。
建議正在使用中藥的患者，在醫生的建議和指導下服用。