巧克力囊腫一般指卵巢子宮內膜異位囊腫，在接受亮丙瑞林治療后，仍存在再次發病的風險，因此對于卵巢子宮內膜異位囊腫，需要根據其臨床表現及影像學表現進行治療，以減少復發機會，提高治愈率。通過對大量樣本的臨床觀察，發現卵巢子宮內膜異位囊腫的患者在接受亮丙瑞林等藥物注射后，雖然復發率沒有明顯下降，但復發的時間卻有所延長，此外卵巢子宮內膜異位囊腫的治療方法主要為保守和手術兩種，其中手術效果相對較好。卵巢子宮內膜異位囊腫是否會再次出現，與手術的全面性和患者的身體狀況等因素有關，需要及時就醫進行治療。
卵巢子宮內膜異位囊腫通常需要進行手術治療。目前，腹腔鏡下進行卵巢子宮內膜異位囊腫的剝除是首選方法，但剝除后仍存在復發的風險，因此建議患者在手術后繼續使用亮丙瑞林等藥物進行治療，以達到暫時的絕經狀態，可以暫時抑制卵巢的功能，并進一步減少子宮內膜的殘留生長，從而延長復發的時間，然而卵巢子宮內膜異位囊腫是否會再次出現，主要依賴于手術是否進行得足夠徹底。如果手術徹底清除，復發的概率會相對較低。但如果手術后仍有殘余，藥物治療只能延長復發的時間，而無法減少復發的可能性。
除了手術相關的因素，卵巢子宮內膜異位囊腫的復發情況與患者本身也有一定的關聯性，因此治療方案要根據患者本身情況而定。盡管手術已經做得相當徹底，但如果患者在手術后仍有規律地出現經血逆流，這種逆流的經血可能會重新植入卵巢表面，從而導致卵巢子宮內膜異位囊腫的再次出現。對于反復出現的卵巢子宮內膜異位囊腫，通常需要進行單側卵巢切除手術，甚至可以進行雙側卵巢切除，并加上全子宮切除，才能最大限度地降低復發的可能性。
卵巢子宮內膜異位囊腫是子宮內膜異位癥的主要表現形式。由于逆流經血在卵巢表面種植，受到雌激素和孕激素的影響，會出現定期出血，從而在卵巢內形成類似巧克力的液體囊腫，這種囊腫被稱為卵巢子宮內膜異位囊腫。其發病機制為雌激素受體陽性及/或拮抗劑作用于卵巢功能而導致卵泡發育停滯。一旦發現卵巢子宮內膜異位囊腫，應立即進行治療，可以降低并發癥的風險并簡化治療過程。