一般情況下，遵醫囑吃避孕藥不傷身體，未遵醫囑吃避孕藥傷身體。具體情況分析如下：
1.不傷身體：避孕藥根據給藥途徑的不同，分為口服避孕藥、注射用避孕藥、外用避孕藥和皮下埋植避孕藥，大多數是由雌激素和孕激素配伍而制成，能影響生殖過程的不同環節，增加子宮內膜的黏稠度，避免受精卵著床，從而起到避孕的作用，如果患者遵醫囑吃避孕藥，根據患者自身的身體狀況及時調整用藥時間和用藥量，則一般不傷身體。
2.傷身體：如果患者未遵醫囑吃避孕藥，容易導致體內激素水平不穩定，造成內分泌失調，引起月經改變、閉經、惡心、嘔吐等反應，通常會傷身體。