羊水穿刺芯片檢查和核型檢查都是針對胎兒的染色體和基因進行的，可以檢查出胎兒染色體的數目以及結構上是否有異常，穿刺芯片檢查和核型檢查各有特點，具體如下：
1、羊水穿刺芯片檢查：芯片的準確度相當于羊水穿刺的結果再放大100倍，所以是運用分子學的技術對羊水的基因進行測試。具有需要的細胞量少以及不受細胞活性、污染等因素影響等特點；
2、羊水穿刺核型檢查：可以檢查出一些核型的平衡移位，平衡臂內的倒轉，還有小比例的嵌合等，但是所需要的材料較多，且受到細胞活性以及污染等的影響。
所以在羊水穿刺的過程中，為了保證結果的全面性，一般要做芯片和核型的雙重檢查。兩者可以檢查染色體的數量是否出現了異常以及染色體結構有沒有異常，如有沒有斷裂、缺失、重復等。如果染色體出現了異常，那么生下來的嬰兒可能就有先天性疾病，如21-三體綜合征，甚至可能會中途發生流產。