如果羊水穿刺基因芯片檢測結果正常，其染色體是否有問題，通常無法確定。通過抽取孕婦的羊水，并運用分子生物學對羊水中的染色體進行檢測分析，稱之為羊水穿刺基因芯片檢測。通過羊水穿刺基因芯片檢測，通常能檢測出微小的染色體片段是否重復或缺失。雖然羊水穿刺基因芯片檢測結果正常，胎兒染色體有問題的可能性較低，但如果胎兒的染色體片段存在加、減，或者易位的情況，通常無法發現。除此之外，還無法排除其他的遺傳性疾病，如單基因遺傳病和多基因遺傳病等。
如果羊水穿刺基因芯片檢測結果正常，想要判斷染色體是否有問題。這種情況下，建議孕婦盡早前往醫院，遵醫囑以完善相關檢查，如染色體核型分析等，以明確是否存在基因芯片檢測未能檢測出的染色體異常情況。