牡丹皮在醫生指導下正常使用，一般沒有副作用。但若使用不當，如血虛有寒、月經過多者或孕婦使用牡丹皮，可能會出現癥狀加重或導致流產等副作用。血虛有寒的患者常表現為指甲色白、怕冷等癥狀，本已血虛有寒的患者再服牡丹皮等苦寒之品會加重寒涼。本就月經過多的人，再服活血祛瘀的牡丹皮會使血脈暢達，導致經量更多，故而不宜使用。另外，孕婦服用牡丹皮有流產可能，應慎用。
牡丹皮是臨床常用的中藥，味苦、辛，性微寒，有清熱涼血、活血化瘀的功效。因其苦寒，入心肝血分，善于清解營血分實熱，可治療熱入營血導致的溫毒發斑、血熱吐衄。又因其善于清透陰分伏熱，能治療溫邪傷陰導致的陰虛發熱、夜熱早涼、無汗骨蒸，且是治療無汗骨蒸的要藥。牡丹皮味辛能行氣血，味苦能降泄，有活血祛瘀之功，常用于治療血滯經閉和痛經。
藥材的使用需謹慎，患者在出現不適癥狀后應及時前往正規醫院中醫科或醫館就診，在中醫師的辨證施治下進行處理，不宜擅自用藥，以免誤治而造成不必要的后果。