治療滴蟲的方法較多，通常需結合多種方法進行治療，一般常用的方法有藥物治療、日常護理等。
1、藥物治療：滴蟲可同時存在尿道、尿道旁腺、前庭大腺多部位，單純局部用藥不易徹底治愈，故需同時在醫生的指導下進行全身用藥，常用藥物為甲硝唑片、替硝唑片等，可單次大劑量口服或低劑量連服。局部藥物治療可較快緩解癥狀，但不易徹底消滅滴蟲，停藥后易復發。比如患有滴蟲性陰道炎，陰道用藥前先使用1%乳酸或0.5%醋酸等酸性洗液清洗陰道，改變陰道內環境，同時可減少陰道內惡臭分泌物，然后再按醫囑使用甲硝唑栓、替硝唑栓等藥物，因其在尿道及陰道周圍的腺體中不能達到有效的治療濃度。
2、日常護理：建議患者注意飲食的營養，多吃富含維生素、無機鹽、纖維的食物，增強身體免疫能力。此類食物包括番茄、豆芽菜、卷心菜、油菜、柑橘、荔枝等。同時勤洗澡、勤換內褲等，接觸的盆及馬桶也應消毒，避免交叉或重復感染。
如果不小心感染滴蟲，應該及時就醫進行陰道分泌物檢查、陰道毛滴蟲、多聚酶鏈式反應等檢查，有助于明確患者病情，進行相應的治療。