牙根疼的患者服用的藥物，應根據病因選擇不同的藥物治療。
1、如果是口內殘根引起的牙根疼痛，多數是殘根的根尖周炎或者牙周膿腫等引起的疼痛。對于急性炎癥期的患者，可以適當服用一些抗生素，比如阿莫西林和甲硝唑消炎，還可配合使用止痛的布洛芬膠囊，會有很好的緩解作用。待炎癥消退后，再將殘根拔除即可；
2、如果是由于突然咬硬物后出現的牙根疼痛，則很有可能是牙根出現縱裂，需要拍錐形束CT明確診斷。一旦確定為牙根縱裂，則該牙已無保留價值，拔除即可。若只是存在隱裂，輕微的可在癥狀改善后行牙冠修復，嚴重的則可在服用消炎藥（比如阿莫西林、甲硝唑）后，試行根管治療后再保留該牙；
3、如果是牙齦萎縮，牙根暴露，導致牙齒過敏癥或出現牙髓炎而引起的牙痛，則建議行規范的牙周治療，比如口服藥物治療（比如阿莫西林、頭孢拉定和甲硝唑，配合穿心蓮、消炎痛、維生素B1）、超聲波潔牙、齦下刮治等。如果疼痛癥狀較嚴重，持續時間較長，往往合并牙髓炎，需要行根管治療；
4、如果是三叉神經痛、特殊類型的心絞痛等非牙源性的疾病引起的牙根痛，則需要及時到正規醫院進行咨詢診斷，根據具體病因再積極治療。