一般情況下，兩只眼睛不一樣可能是正常的生理性因素引起的，也可能是眼外傷、肌無力、瞼腺囊腫等病理性因素引起的，需要根據實際情況進行相應處理。
一、生理性因素
如果是兩只眼睛形態略微不一樣，通常屬于正常的發育現象，因為生長發育過程中，兩只眼睛難以發育成毫無差別的樣子，一般不需要針對性治療。如果相差較明顯，需要前往醫院就診，排除眼部疾病。
二、病理性因素
1、眼外傷：如果日常生活中眼部遭受了撞擊、大力按壓后，此時有可能會出現兩只眼睛不一樣的情況，通常會伴隨眼周局部疼痛、眼瞼腫脹、皮下出血等癥狀，可以進行適當的熱敷來緩解，待腫脹的情況消退后兩只眼睛不一樣的情況會改善。
2、肌無力：肌無力會導致兩只眼睛不一樣，通常還會伴隨出現眼部疲勞、睜眼費力、視力模糊等癥狀。如果患者出現肌無力，需要及時前往醫院就診，通過視力檢查、裂隙燈檢查、眼壓檢查明確病因后，在醫生的指導下進行針對性治療。此時可以在醫生指導下使用溴吡斯的明片、甲硫酸新斯的明注射液等藥物進行治療。
3、瞼腺囊腫：瞼腺囊腫可能會使患者的眼裂變小，造成雙眼不一致的癥狀，建議遵醫囑使用左氧氟沙星滴眼液、加替沙星滴眼液等藥物緩解。
平時要注意用眼安全，不能過度用眼，注意勞逸結合。