糞菌移植治療后一般會流失，可能會維持3~6個月左右，具體要根據患者的實際情況來決定。
糞菌移植治療后通常能夠維持3~6個月左右，有的可以在患者身上維持的時間更長，但有一部分患者會在3~6個月以后再次進行，可能是由于每個患者自身的內部環境不同，在做完糞菌移植供體的健康菌群后，可以在很短的時間內移植成功。在做完糞菌移植治療以后需要注意臥床休息兩個小時，避免下地活動，還要注意飲食要清淡，不要吃辛辣油膩刺激的食物。