骶管囊腫手術是大手術。因為這類病變如果手術處理不當，一方面容易造成神經損害，使患者在手術之后出現癥狀加重，甚至引發新癥狀的出現；另一方面有可能使患者出現排便、排尿功能障礙，以及囊腫復發和腦脊液漏的形成。
進行骶管囊腫手術時，建議采取骶管囊腫切除的方法，在囊腫切除過程中應仔細分離囊腫以及周圍骶神經根的粘連，并且建議在電生理監測下進行手術，以免在手術過程中誤傷骶神經根。對于骶管囊腫內伴有神經根的病變，可以進行囊腫的大部分切除，再進行神經袖套重建。
若患者的囊壁比較薄弱，在進行囊腫壁重建之后，需要考慮進行人工材料囊腫壁的加固，才能夠有效避免囊腫復發，同時還要進行囊性部位的脂肪填塞，來封堵囊腫的瘺口，并且需要根據患者具體情況，決定是否需要進行骶管內的脂肪填塞。對于大部分患者，推薦進行骶管的重建，使用患者骶管后壁本身的骨質，通過微小的鈦釘、鈦板進行復位固定，才能夠有效的避免囊腫復發。