兩歲寶寶不愛吃飯半夜哭鬧可能是消化不良、缺鈣、急性胃腸炎、皰疹性咽峽炎、蟯蟲病等因素引起的，可以通過藥物治療的方式進行處理，建議家長及時帶寶寶就醫，并對癥處理。
1、消化不良：寶寶的胃腸功能相對較弱，可能會誘發消化不良，出現食欲不佳、腹痛等不適癥狀，寶寶感到不適時則可能會出現哭鬧現象。建議家長在醫生的指導下給寶寶服用健胃消食口服液、復方胰酶散、枯草桿菌二聯活菌顆粒等藥物進行治療，可以促進消化和改善腸道菌群。
2、缺鈣：寶寶發育過程中需要大量的鈣元素作為支撐，如果沒有合理補鈣，則可能會出現缺鈣現象，可能會影響機體代謝，使得胃腸道蠕動減慢，而且可能會導致肌肉神經興奮，進而可能會出現食欲不佳、半夜哭鬧、枕禿等不適癥狀。建議家長在醫生的指導下給寶寶服用葡萄糖酸鋅口服溶液、復方鋅鐵鈣口服溶液、碳酸鈣顆粒等藥物進行治療，可以有點補鈣。
3、急性胃腸炎：急性胃腸炎是胃腸道黏膜的急性炎癥，炎癥刺激可能會影響寶寶的胃腸功能，進而可能會誘發腹痛、腹瀉、食欲不佳等不適癥狀，由此可能會誘發經?？摁[的情況。建議家長在醫生的指導下給寶寶服用蒙脫石散、阿莫西林顆粒、頭孢克肟顆粒等藥物進行治療，可以止瀉抗炎，緩解不適癥狀。
4、皰疹性咽峽炎：皰疹性咽峽炎是腸道病毒感染引起的急性上呼吸道感染性疾病，可能會引起發熱、咽痛、咽峽部皰疹等不適癥狀，寶寶受到刺激之后則可能會出現不吃飯、哭鬧頻繁的情況。建議家長在醫生的指導下給寶寶服用蒲地藍消炎口服液、利巴韋林顆粒、阿昔洛韋片等抗病毒藥物進行治療。
5、蟯蟲?。合u蟲病是由蠕形住腸線蟲寄生于人體腸道而引起的傳染病，可能會影響寶寶的胃腸功能，導致食欲不振，而且可能會誘發肛周瘙癢，夜間尤甚，因此可能會出現哭鬧癥狀。建議家長在醫生的指導下給寶寶服用阿苯達唑顆粒、甲苯咪唑咀嚼片、三苯雙脒腸溶片等藥物進行治療，可以有效驅蟲，達到治療目的。
建議家長根據實際情況及時帶寶寶前往正規醫院就診檢查，并在醫生的指導下合理治療。