腸道功能紊亂吃藥多長時間能治好，需要根據患者服藥的種類進行判斷。根據醫生的臨床經驗分析，大概需要1-3個月的時間能治好，但是具體時間不是很固定。腸道功能紊亂通常指的是胃腸功能紊亂，主要是由于腸道菌群紊亂、腦神經系統功能受損等原因導致，可引起胃腸蠕動減慢，產生消化不良、腸易激綜合征，影響正常的消化功能。
常用于治療胃腸功能紊亂的藥物有抑酸劑、促動力藥、止痙藥等，抑酸劑主要有奧美拉唑腸溶膠囊、泮托拉唑鈉腸溶片、雷貝拉唑鈉腸溶片等，主要用于由于胃酸過多導致腹痛癥狀的患者，通常用藥1-2天癥狀就能得到明顯改善，患者可能服藥1個月左右，胃腸功能紊亂的情況會逐漸恢復。促動力藥主要有多潘立酮片、枸櫞酸莫沙必利片、鹽酸伊托必利片等，主要用于具有腹脹、早飽、噯氣等癥狀的患者，通常服用藥物1周后，患者的癥狀可以得到改善，可能用藥3個月左右，胃腸功能紊亂的情況會逐漸恢復。
止痙藥常用的有消旋山莨菪堿片、鹽酸洛哌丁胺膠囊、蒙脫石散等，主要用于改善疼痛、內臟不適，以及腹瀉等癥狀，通常服用后1天左右，患者的癥狀可以得到改善，但并不能徹底治療疾病，還應配合抑酸劑或促動力藥物治療。
若患者服藥1周以上，癥狀還沒有改善，建議及時到醫院消化內科就診，由醫生進行B超、血常規等檢查，明確具體的病情，由醫生進行調整用藥，避免病情加重。在日常生活中，患者應養成良好的飲食習慣，注意規律飲食，避免飽餐或飽餐后平臥，應注意細嚼慢咽、少食多餐，有利于病情的恢復。