早晨小腹底部隱痛的原因有很多，主要是由結腸炎、盆腔炎以及前列腺炎等原因導致的，一般可以通過服用藥物和做手術的方法進行治療，應針對不同病因采取相應的治療方法，具體如下：
1、結腸炎：是由自身免疫反應、感染等因素引發的，通常表現為腹瀉、小腹底部隱痛以及大便秘結等癥狀。一般可以通過使用柳氮磺吡啶、美沙拉嗪和奧沙拉嗪等藥物進行治療，對于藥物治療效果不佳的患者，還可以采用手術方法進行治療。
2、盆腔炎：是指女性上生殖道的一組感染性疾病，一般可以通過使用青霉素、苯唑西林或者氨芐青霉素等藥物進行治療。對于附件膿腫屢次發作者，建議選擇全子宮及雙附件切除術進行治療。
3、前列腺炎：是指前列腺受到致病菌感染或者某些非感染因素刺激，而出現小腹底部隱痛、排尿異?；蛘咝怨δ苷系K等臨床表現?？梢苑米笱醴承恰⑻顾髁_辛、布洛芬等藥物進行治療。保守治療無效時，建議選擇手術進行治療。