木耳泡太久了會有毒主要是因為發生了變質，產生了毒素或滋生細菌和真菌等致病微生物，如黃曲霉毒素，食用后可能會出現嘔吐、腹瀉，嚴重者可出現器官衰竭。具體可前往醫院就診檢查，明確病因后進行針對性治療。
如果木耳泡太久了，特別是泡發的環境溫暖濕潤(如夏天)，時間也足夠長時，可能會產生生物毒素，并迅速繁殖至“中毒劑量”，或者是一些菌類可能在此泡發過程中產生變性，大量繁殖，此時食用則很有可能中毒。此外，夏季更有利于細菌的繁殖和產生毒素，中毒者的癥狀為輕者嘔吐、腹瀉，重者可出現器官衰竭。
需要說明的是，在泡木耳的過程中，也要注意水質是否干凈，水質有問題也非常容易滋長很多的病原菌，在食用以后造成中毒的癥狀。在日常生活中，盡量用溫水泡發，縮短泡發時間，泡好后，流水清洗兩到三遍，最大限度除去雜質和有毒物質。