一般情況下，妊娠囊3.1cm*2.1cm*3.5cm該有胚芽。具體情況分析如下：
妊娠囊是原始的胎盤組織，被羊膜、血管網包裹的小胚胎，是懷孕最初的形態，每個孕周都會有不同的變化，妊娠囊3.1cm*2.1cm*3.5cm時，大概為孕10-11周，此時胎兒各器官進一步發育，胎盤發育，胎盤清晰可見。而胎芽是孕6—7周形成，所以此時該有胚芽。