不論男女，做腸鏡均從肛門部進入，腸鏡一般分為兩種，為普通腸鏡和無痛腸鏡，不論哪一種腸鏡，均從肛門進入。
在進行腸鏡檢查前需在前一天晚上進行腸道清潔，一般使用的是甘露醇或復方聚乙二醇電解質散，直到腸道排出的干凈清潔的腸液，可進行腸鏡檢查，這時腸內情況才可以清晰地看到。
在進行腸鏡檢查時從肛門進入直腸、然后進入乙狀結腸、降結腸、橫結腸、升結腸、直至小腸末端，然后緩慢向外退鏡，在進鏡和退鏡過程中要注意觀察有無腸道疾病，如息肉等，如有息肉，可進行結腸鏡下息肉切除術，并進行病理檢查。