復合蛋白飲品是否對人體有害，不能一概而論，需要結合攝入量而定。如果適當飲用復合蛋白飲品，通常并不會對人體有害。如果過量飲用復合蛋白飲品，則可能對人體有害。
復合蛋白飲品中通常含有多種蛋白，以及脂肪、微量元素等營養物質。適當飲用復合蛋白飲品可以補充一定的營養和能量，有助于改善因營養物質缺乏而造成的體質虛弱。而且胃腸道大多能吸收其中的營養物質，并不會危害身體健康。
但需要注意，由于復合蛋白飲品中的蛋白質成分含量相對較高，如果過量飲用復合蛋白飲品，可能加重消化負擔，容易引起腹脹、腹痛等消化不良癥狀。尤其是腎病患者，需要控制蛋白質攝入，故不建議食用復合蛋白飲品，此類情況下，復合蛋白飲品對人體有害。因此，在日常生活中需要加強營養補充，避免過量飲用復合蛋白飲品。