通常情況下，水芹菜并不會產生副作用，但若是一次性攝入量較多，或是本身患有胃腸道疾病，此時食用后可能會產生腹脹、腹瀉等副作用。
水芹菜是日常生活中較常見的蔬菜，含有豐富的營養成分，主要包括蛋白質、維生素、碳水化合物、胡蘿卜素、鐵、鈣、磷、鐵、鈉、磷等，可以為人體提供需要的營養成分，在適當攝入的情況下，一般不會產生副作用或不良反應。若一次性攝入量較多，可能會導致胃腸道內容物較多，增加胃腸道負擔，引起腹脹。且由于水芹菜含有豐富的膳食纖維素，有可能會使胃腸道蠕動加快，從而引起大便次數增多的情況，對于本身患有胃腸道疾病的患者，有可能會加重不適癥狀，引起腹瀉癥狀，甚至還有可能會導致脫水和電解質紊亂。
因此，必須注意適量食用水芹菜，不宜過量食用，以免對身體健康不利。