一般情況下，揉眼睛感覺內部疼痛是否會自愈需根據實際情況來判斷，不能一概而論，具體內容如下：
因為揉眼睛時有內部疼痛的感覺，可能與眼部過度疲勞、結膜炎等原因相關，因為眼部過度疲勞可能是長期用眼造成的，屬于正常的生理現象，所以在患者注意多加休息，養成健康的用眼習慣后，就可逐漸自愈，不用進行特殊治療。但是若為結膜炎的表現，此時通常還會伴隨畏光流淚、眼部異物感等癥狀，若患者沒有有效進行眼部護理，導致病情發展嚴重，一般就不會自愈，建議患者平時避免用不潔凈的手或者毛巾揉搓眼部，應注意眼部衛生，有必要時還可在醫生指導下使用鹽酸左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等藥物治療。