蛋白過敏多見于嬰幼兒，其中1歲以內的寶寶胃腸道功能尚未發育完善，腸壁很薄，通透性很高。而蛋白中的白蛋白分子較小，可以直接透過腸壁進入寶寶的血液中，這種異體蛋白為抗原，可以使寶寶的體內產生抗體。再次接觸異體蛋白時寶寶會出現一系列過敏反應性疾病，如濕疹、蕁麻疹、喘息性支氣管炎等，可從飲食及藥物兩方面進行治療。
一、飲食管理1、人乳喂養兒發生蛋白過敏：繼續人乳喂養，母親需回避牛奶或其他富含蛋白的食物至少2周，部分過敏性結腸炎兒童母親需持續回避4周。若母親回避飲食后兒童癥狀明顯改善，則可逐漸加入相應食物，如癥狀未再出現，即可恢復正常飲食；如癥狀再現，則母親在哺乳期間均應進行飲食回避，并在斷離人乳后給予深度水解蛋白配方或氨基酸配方替代。因牛奶為鈣的主要來源，母親回避飲食期間應注意補充鈣劑。此外，對于嚴重蛋白過敏患兒，母親飲食回避無效時可考慮直接采用深度水解蛋白配方或氨基酸配方替代；
2、配方乳或輔食喂養兒發生蛋白過敏：≤2歲蛋白過敏患兒應完全回避含有蛋白成分的食物(如雞蛋蛋白)及配方，并以低過敏原性配方替代；>2歲蛋白過敏患兒由于食物來源豐富，可滿足生長發育需要，故可進行無奶飲食。
二、藥物治療在回避蛋白的同時，醫生應對患兒進行對癥治療，常用藥物包括腎上腺素，糖皮質激素、抗組胺藥等。對于蛋白誘發的嚴重過敏反應因可危及生命，迅速處理十分重要。腎上腺素是治療嚴重過敏反應的首要藥物，一旦發生嚴重過敏反應需立即肌肉注射，治療關鍵是維持呼吸道通暢和保持有效血液循環。
另外，蛋白中含有一種抗生物素蛋白，在腸道中與生物素結合后，能阻止寶寶對維生素的吸收，造成寶寶維生素缺乏，從而影響寶寶身體健康，在治療過程中可適量給寶寶補充維生素。