一般情況下，凌晨跑步對身體并沒有直接的好處，而且存在一定的危害，如影響睡眠質量、導致機體受損、加重心臟負擔、誘發低血糖、打亂生物鐘等。
1、影響睡眠質量：凌晨時身體各器官通常處于休息的時間段，需要保持睡眠狀態，才能有益于身體的健康。如果凌晨跑步可能會慢慢使神經興奮，影響睡眠質量，也不利于身體各器官的休息；
2、導致機體受損：凌晨是人體比較困乏的時間段，如果在凌晨跑步，由于剛開始跑步時身體機能興奮性不高，容易引發跌倒的情況，導致身體損傷，如骨關節損傷、肌肉拉傷等；
3、加重心臟負擔：在凌晨跑步，容易使心臟的負擔增加，從而容易增加腦出血、心肌梗死等心血管疾病的發病概率；
4、誘發低血糖：凌晨的時間段，身體一般處于空腹狀態，體內一般沒有充足的能量可供消耗。如果在凌晨跑步容易引發低血糖的問題，從而引起心慌、頭痛、頭暈等癥狀發生；
5、打亂生物鐘：長時間在凌晨跑步，可能會打亂生物鐘，從而可能會影響白天的精神狀態，導致白天出現精神萎靡的問題。