金針菇出現明顯異味、菌蓋軟爛有黏液且變色、菌柄變軟發黃失去彈性等情況時通常說明已經變質，此時不能食用。
當金針菇有明顯異味時，說明已經被大量微生物分解，產生了有害的代謝產物，這些物質可能會對人體健康造成危害，導致胃腸不適等問題。菌蓋軟爛、有黏液且變色，是因為細菌或霉菌等微生物在上面繁殖生長，分解了金針菇的組織，使其營養成分流失且可能產生毒素。菌柄變軟、發黃和斷裂，意味著金針菇的結構已經被破壞，內部的細胞組織受損，不再新鮮，食用后可能引發食物中毒等不良后果。
建議在購買金針菇時，要挑選菌蓋完整、緊實，菌柄潔白、硬挺且無異味的。儲存時應放在陰涼通風處或冰箱冷藏室，避免高溫和潮濕環境加速其變質。在烹飪過程中，要確保金針菇熟透，這樣可以進一步降低食用風險。