食物中毒與流行性傳染病的根本區別在于是否具有傳染性，此外，二者在病因、治療方式等方面也存在區別。
1、是否具有傳染性：食物中毒是指攝入了含有生物性、化學性有毒、有害物質的食物后出現的一種急性或者亞急性疾病，通常不具有傳染性。流行性傳染病是指由各種致病性微生物或病原體引起的疾病，具有傳染性。因此，食物中毒與流行性傳染病的根本區別就在于是否具有傳染性。
2、病因：食物中毒的病因包括生熟交叉污染、食品貯存不當、食用有毒有害食品、誤食誤用等，主要表現為惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉等癥狀，還可能伴有頭痛、頭暈、意識模糊等癥狀；流行性傳染病主要是細菌、真菌、衣原體、病毒等病原體感染人體后引起的，包括很多種疾病，也可以表現為多種癥狀。
3、治療方式：如果出現食物中毒，臨床上，可以采用催吐、洗胃、機械通氣等方式進行治療，還可以配合使用顛茄片、消旋山莨菪堿片等解痙藥物，或者鹽酸苯海拉明片、氯雷他定片等抗組胺藥物進行治療。流行性傳染病因為其具有流行性和傳染性，首先需要進行隔離，切斷傳染途徑，然后使用對應的藥物殺滅對應的病原體。